1、局限性肝结核瘤有时与肝癌难以鉴别，而粟粒性肝结核有时易与弥漫型肝癌混淆，但后者病情严重，病程发展较快，AFP阳性，结合慢性肝病史等，一般可以鉴别。
2、肝结核形成脓肿后应与阿米巴性或细菌性肝脓肿相鉴别。细菌性肝脓肿多继发于胆道感染，全身中毒症状严重，有寒战、高热，而阿米巴性肝脓肿多有脓血便史，脓肿一般比较大，脓液呈巧克力色，一般不难鉴别。
3、对具有黄疸的病例，慎勿误诊为病毒性肝炎、肝硬化、钩端螺旋体病、败血症等，尤其当患者有结核病史或治疗无效而日渐恶化时，应警惕本病的可能并做相关检查。
4、肝脾肿大、高热、黄疸、贫血、恶病质，应与淋巴瘤、急性白血病、恶性网状细胞增多症相鉴别，可查骨髓象和淋巴结活检。
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