细菌学检查是确诊葡萄球菌肺炎的依据。痰液涂片检查可见大量脓细胞、成堆革兰阳性球菌，白细胞内可见到革兰阳性球菌。痰液、鼻咽拭子、浆膜腔液、下呼吸道分泌物、肺穿刺物及血液培养应及早进行，抗菌药物使用之前即应留取标本。由于正常人鼻咽部可带菌，因此，咳痰培养前必须清洁口腔，并作多次培养，成人痰培养阳性率高达87%～95%，血培养的阳性率较低。应在高热时多次(2～3次，每隔1/2～1小时1次)或自两处不同部位采血，成人血标本量应 ≥10ml。表皮葡萄球菌血培养需要2次阳性才能确认有意义。除胸液、肺穿刺物和血培养分离到葡萄球菌具有肯定诊断价值，其他标本包括下呼吸道防污染技术所采集到的标本培养到葡萄球菌，其诊断价值需结合临床(如迅速发展的坏死性肺炎)进行判断。
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