下列疾病应与慢性胰腺炎相鉴别：
1.其他原因导致的腹痛 如消化性溃疡、胆道疾病、肠系膜血管疾病及胃部恶性肿瘤。
2.确定脂肪泻是否由胰腺疾病引起 由慢性胰腺炎导致的脂肪泻，胰腺CT及ERCP检查常有异常发现。若以胰管狭窄为主，则应排除胰腺肿瘤可能。
3.与胰腺恶性肿瘤的鉴别 两者均可致胰腺包块及腹痛或无痛性黄疸，采取包括ERCP、MRCP及内镜超声在内的检查也难将两者区别开。若CA19-9大于1000U/ml时或CEA明显升高时，有助于胰腺癌的诊断，但常出现于晚期胰腺癌，也可通过ERCP刷检、超声内镜活检及发现邻近淋巴结肿大而确定诊断。若上述检查阴性而无法区别开时，则通过手术取病理活检。
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