不动杆菌的耐药性是一个严重的问题。耐药率呈上升趋势，如对环丙沙星的耐药性越来越强。目前已发现不动杆菌对氨苄西林、头孢唑啉及氯霉素等有较强的耐药性。
耐药率尚较低的有亚胺培南-西司他丁、头孢他啶、头孢哌酮-舒巴坦、氨苄西林-舒巴坦，哌拉西林-他唑巴坦及阿米卡星等。所以临床应用上首选头孢哌酮-舒巴坦、亚胺培南-西司他丁，还可选用氨苄西林-舒巴坦、替卡西林-克拉维酸、阿米卡星、新一代氟喹诺酮类。β-内酰胺类与氨基糖苷类（或氟喹诺酮类、利福平）联合应用常用于病情较重者。
根据病菌对药物的敏感结果调整选用方案。
