一部分未分化脊柱关节病的患者由于仅有轻微的症状和体征，可以无需特殊治疗，或进行理疗改善症状，明显炎症患者可选用非甾体类抗炎药。
对一些关节炎症状较重和有附着点病的患者可在受累关节内或炎症部位注射皮质激素。骶髂关节炎明显，常规治疗效果不佳时，可在CT介导下炎性骶髂关节内注射皮质激素，据报告可获得显著疗效。
少数急性或炎症高度活动的患者，可全身使用皮质激素，但剂量与疗程宜从严掌握。
病程较长的慢性患者，有持久关节炎和附着点病，如单用非甾体类抗炎药不能完全控制症状时，可加用免疫抑制剂。
对有炎性肠病的未分化脊柱关节病患者，使用柳氮磺胺吡啶可获得较好疗效。机制可能柳氮磺胺吡啶通过恢复肠壁正常通透性、抑制抗原进入受损肠壁来治疗炎性肠病，但无预防作用。另外，早期使用柳氮磺胺吡啶是否改善病程和预后尚不明确，有待进一步研究。就目前国内临床治疗的普遍情况而言，医师常乐意选用柳氮磺胺吡啶治疗未分化脊柱关节病，这可能与本药价格适中、总体来说用药安全性较高有关。
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