药剂科下设门诊中西药房、中心药房、药库、静脉配制中心（制剂室）、临床药学组等5个职能小组。药品供应和管理药房与各个病区电脑联网，药品配送实现信息化；严格执行新药审批程序和日常药品计划采购程序，所有药品全部实行阳光招标采购。不断加强药师继续再教育、培训和素质的提高，保障患者的用药安全。承担着培养药学专业硕士研究生、本科生、大中专生的教学实习任务和进修生的培训任务，同时进行临床药学、新制剂开发、药学情报等领域的研究工作。科内组织编辑刊发《药讯》，在院内得到好评。科研教学方面以临床药学研究课题为龙头，以东南大学医学部教学基地为依托，带动科研教学工作的发展。目前，药剂科共有药学人员35人 ，药剂科有中级职称以上 11人。主任药师2人，副主任医师1人， 主管药师8人。近一二年引进硕士研究生3人。
