消化科主要开展消化系疾病和传染性肝病的临床医疗、科研及教学工作，以及消化系新药的研发工作。科室配置有进口电子胃镜、进口电子十二指肠镜、上消化道压力检测仪、上消化道PH值检测仪、13C质谱仪。科室突出中医特色，开展中西医结合治疗消化疾病，诊治的优势病种有症状性胃食管反流病、食管炎及溃疡、各种急慢性胃炎包括萎缩性胃炎及癌前病变、十二指肠炎、消化性溃疡、功能性消化不良、消化道出血、溃疡性结肠炎、肠易激综合征、非病毒性肝病如脂肪肝、肝纤维化、肝硬化、急慢性胆囊炎、急慢性胰腺炎，各型急慢性病毒性肝炎，尤其是慢性乙型病毒性肝炎及肝纤维化、肝炎后肝硬化，采用中西医结合治疗能取得较好疗效。

该科人员先后主持或参加了国家“九五”攻关课题“芪术颗粒抗肝纤维化的临床与实验研究”； 国家“十五”攻关课题“芪术颗粒抗肝纤维化的临床开发研究”；国家科技部医药技术博士创新项目“通降颗粒治疗胃食管反流病的实验研究”；国家“八五”攻关课题：“消痞灵治疗胃癌前病变的临床和实验研究”；国家自然科学基金课题：“中药复方治疗慢性萎缩性胃炎的实验和临床研究”；北京市首都医学发展基金：“慢性乙型肝炎证候演变规律研究”；中国中医研究院创新工程项目“早期肝硬化证候规律研究”；国家卫生部组织的中医治疗急性胃痛的临床研究；国家中医药管理局重点课题“和降冲剂治疗胆汁反流性胃炎的临床与实验研究”；中国中医研究院和日本合作项目“黄连汤治疗胃炎的临床研究”；北京中医药大学重点课题“北京中医药大学十大名老中医学术思想（董建华部分）整理”等研究工作。