南京儿童医院心血管内科是国内较早成立的的小儿心血管疾病诊治的专业科室。经过几代人的艰苦创业，心血管内科已经成为集医疗、教学、科研为一体，国内较为先进的小儿心血管疾病专科。目前拥有一个完整病区50张床位，一个专用心导管及先心病介入治疗手术室。副主任医师以上人员7名，硕士生导师3名，已培养硕士研究生12名。现任科室主任秦玉明医师为医院特聘学科带头人，入选江苏省“333工程”培养计划，任中国医师协会结构性心脏病分会学组委员、江苏省医学会小儿心血管学组委员、江苏省儿科学会委员、南京医学会心脏病分会委员。心血管内科在理论和实践上始终走在国内小儿心血管疾病发展的最前沿。早在八十年代初期就在国内开展了各种先天性心脏病心导管术，为各种复杂及危重先心病患儿的内、外科治疗提供科学依据，协助诊治先心病围术期危重及疑难病例，为医院心脏中心的发展做出了积极的贡献。九十年代末，科室又积极开展各种先天性心脏病的非开胸介入治疗，累计完成1500多例。无论是从完成介入手术的数量还是手术质量均处在同类医院国内先进，省内一流的水平。目前形成了以小儿先天性心脏病介入治疗为科室特色，同时在治疗小儿扩张型心肌病、川崎病以及各种心律失常方面也有独到之处。在积极开展临床工作的同时，又十分重视科研工作的开展，取得了一批科研成果，获得了多项科技进步奖。目前是南京大学、南京医科大学硕士培养点，于2011年评定为江苏省临床重点发展专科以及江苏省儿童先天性心脏病中心。