南通市第三人民医院心胸外科成立于2002年，科室技术力量雄厚，相关科室技术配套，拥有优斯特拉HL-3人工心肺机、离心泵、美敦力静脉血氧饱和度仪、美敦力自体血液回输机、Drager麻醉机、西门子Servi呼吸机、惠普多功能心电监护仪、史塞克电视胸腔镜、美国GE ViVid7心脏彩超仪等高级先进仪器设备，被医院确定为重点专科。
常规开展各种先天性心脏病矫治手术如：房间隔缺损修补、室间隔缺损修补、动脉导管未闭结扎、主动脉窦瘤修补、法乐氏四联症矫治等及风湿性心脏病瓣膜替换、瓣膜成形术、心脏肿瘤摘除、不停跳冠脉搭桥、大血管手术等。同时常规开展各种普胸手术，如：肺大泡切除、肺癌根治、食管癌贲门癌根治、纵隔肿瘤切除、先天性膈膨升矫治及电视胸腔镜手术。
心胸外科医护人员坚持一切以病人为中心，以高超的技术、优质的服务，迎接四面八方的患者朋友。该科的宗旨是：“将心比心，以心医心”。
