小儿泌尿外科于1972年建立，是国内最早的小儿泌尿外科专业。有床位43张，每年完成大中型泌尿外科手术1000余例。由此基础上2001年成立北京市小儿泌尿外科中心，那设小儿影像尿动力研究室。目前95%以上病人来自外省市，主要为疑难重症。长期加床仍不能满足住院需求。
小儿泌尿外科擅长泌尿生殖系先天畸形的矫治、泌尿生殖系肿瘤的综合治疗、泌尿系外伤及并发症的治疗以及各种泌尿生殖系疑难重症。如尿道下裂一期手术修复成功率达96%以上；先天性肾积水肾盂输尿管吻合成功率达99%以上；肾脏肿瘤综合治疗长期生存率达83%以上； 泌尿生殖系横纹肌肉瘤保留原发器官功能的综合治疗方法长期生存率达50%以上；各种泌尿系损伤及并发症治疗也是国际国内领先，特别是急诊修复外伤性后尿道断裂和陈旧性复杂性外伤性后尿道闭锁的治疗有特殊经验，年治疗人数50-80例；神经性膀胱功能障碍和尿失禁的治疗是近年开展的新项目，保护肾功能，提高生活质量，改善尿与排控功能，获得排尿控制；微创外科手术的开展使很多开放性小儿泌尿外科手术在腹腔镜下完成，大大减少损伤和加快患儿康复。
小儿泌尿外科还与国内外广泛开展学术交流。培训小儿泌尿外科专科医师。10余人/年，定期举办全国小儿泌尿外科学习班，小儿腹腔镜微创外科学习班。发表论文100余篇。多次获得北京市和北京市卫生局科技进步奖。1996年主编出版了国内第一部小儿泌尿外科专著《小儿泌尿外科学》，撰写黄家驷《外科学》、吴阶平《泌尿外科学》、张金哲《小儿外科学》等多部外科学专著中小儿泌尿外科章节。多位医生担任学术职务，如中华医学会小儿外科分会委员、常委、学术秘书，小儿泌尿外科学组组长长，中华外科杂志编委中华泌尿外科杂志编委，中华小儿外科杂志编委等。
小儿泌尿外科位于外科六病房，共有教授4人，硕士导师3人，主治医师4人。常见诊疗病种包括各种泌尿生殖