输血科前身为血库，组建于1953年，当时科室只有2名工作人员，承担全院的采供血及血型，交叉配血任务。1956年吴全忠调入血库负责工作，工作人员增加到4名，坚持日常用血的自采自供、血型检测及交叉配血工作。1969年血库随学校迁移至上海长征医院，血液由上海市血站供应，年供血应量为50-60万毫升。1975年8月从上海迁回重庆新桥医院，血液供应变为自采自供，年采血量为80万毫升左右，血库编制为5人。1983年组建为输血科，由吴全忠任副主任主持工作，年供血量达120-160万毫升，并开展了有关Rh、MN、P等输血前受血者的血型检测，光量子血输血。承担了大专、本科生的实习教学任务。1994年3月血液科副主任医师、副教授滕本秀调任输血科主任，科室工作人员增加到15人。

　　同年在全国性三甲医院评审中顺利达标，通过了三甲医院的检查验收。1994年至2003年3月份，输血科除自采自供血液外，在市内率先组建了参比室及艾滋病初筛实验室，开展了大量检测和治疗工作。确保了科学、合理、安全输血。1996年在西南片区首先开展了去除白细胞输血、辐照血输血的新业务、新技术。并对受血者进行了输血后的血小板抗体检测，获得学校医疗成果三等奖。2000年开展了外周血干细胞采集。教学任务扩大到本校的专科、本科生及重庆医科大学检验系的实习教学任务。2000年，停止采血后，输血科的中心工作转移到从市血液中心取血供血，开展相关检测，治疗门诊。重点研究科学、合理、安全、有效输血，减少临床输血反应，防止输血后相关病毒感染。使科室由过去单一采供血转向医教研综合学科上来。2005年，李忠俊担任科室主任以来，扩大了科室HIV及参比室的业务。开展了血浆病毒灭活、自动化血浆置换，成份输血达到了95%以上。科室的两个效益有了长足的进步。

　　本学科整体已达到国内军内综合医院输血科先进水平。现有科技人员18人，其中教授、主任医师1名，副教授、副主任医师1名，博士生1名，本科生7名。科室学术梯队较为合理。优秀青年专家已经成为学科带头人，科主任李忠俊博士毕业，担任科主任先后获国家自然科学基金1项，市卫生局课题1项，第三军医大学创新基金课题1项、临床科研课题1项。发表论文20余篇。学科特色鲜明;科学、合理、安全输血，率先开展病毒灭活，确保输血安全。在HIV抗体检测基础上，进行HIV P24抗原检测、新生儿溶血病检测、最先进的卡式交叉配血及血型自动化检测等方面的学科特色。科室多次被评为先进科室，荣立集体三等功一次，发表论文60余篇，参编专著4部，获得军队科技成果三等奖2项，军队医疗成果二等奖1项，三等奖3项。学科设备先进，医疗用房460M2，年用血量近5吨。