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病理学是联系基础医学与临床医学之间的桥梁学科，主要研究疾病的发生、发展、转归规律。病理科主要承担医院的手术、活检、细胞学标本的诊断及尸体解剖工作。近年来，年诊断量基本保持在2万例左右。到目前为止，已完成约30万例诊断。此外，科内专家还承担了来自全国各地的病理疑难病例的会诊工作，每年完成数百例诊断，在国内病理学界的相关领域中具有较高的影响。设有北京大学病理会诊中心。科室开展的新技术包括特殊染色、免疫组化染色、原位杂交、电镜诊断等。
科室注重知识更新，系统地学习病理学的前沿知识，将其应用于临床病理诊断，并加以推广。由回允中教授主译，全科人员参与翻译了《阿克曼外科病理学》、《诊断外科病理学》、《外科病理鉴别诊断学》、《女性生殖道病理学》等多部病理学巨著。编写了《细针吸取细胞病理学》、《肿瘤组织病理诊断》等著作。其中几部已成为广大病理工作者日常工作的案头参考书。
社会兼职方面，科室的专家教授担任了《中华病理学杂志》、《临床与实验病理学杂志》、《诊断病理学杂志》等多种杂志的编委和审稿人。
