我院儿科为福建省儿科临床医学、教学、科研中心之一，是福建医科大学儿科学硕士研究生学位授予点。现有工作人员42人，18人具有中、高级技术职称，1人具有博士学位，5人具有硕士学位，3人为儿科学硕士研究生导师。拥有45张病床，内设重症监护室、新生儿病房，配备本专业所需要的先进医疗设备。
儿科设有新生儿、小儿神经、消化、呼吸、肾脏、儿童保健和临床营养、心血管、血液风湿病等专业。近年来，在全科医务人员的共同努力下，抢救和治疗了许多急危重症患儿，受到病家的好评。近年来，有10余项科研课题获得福建省卫生厅、教育厅、科技厅资助，先后在国家级和省级刊物上发表120余篇论著，共获科技成果奖15项。近10位医务人员获得先进工作者、优秀教师、优秀共产党员等光荣称号。
