菏泽市中医医院始建于1975年，1979年正式开诊，1996年被国家中医药管理局评为三级甲等中医医院，2013年顺利通过三级甲等中医医院复审。是山东中医药大学非直属附属医院、省级“爱婴医院”，是山东中医药大学、山东中医药高等专科学校、菏泽医学高等专科学校、菏泽家政学院、曲阜中医药学校的教学医院，是全国中医住院医师规范化培训基地、中医类别全科医生规范化培养基地（临床培养基地）、山东省“西医学习中医”培训菏泽基地。集医疗、教学、科研、预防、康复、养老、急救功能于一体，起着全市中医药事业的龙头带动作用。

医院坐落于美丽的赵王河畔，处于菏泽市政治、经济、文化中心地带，占地面积3.5万平方米，建筑面积10万平方米，编制床位1450张，总资产6.7亿元，人员编制总量控制备案数1160名，现有职工1036人。其中，高级职称136人，博士、硕士研究生183人，山东省名中医药专家5名，山东省五级中医药师承教育市级指导老师8名,山东省中医药大学硕士研究生导师5名，菏泽市名老中医2名，菏泽市名中医药专家2名、优秀中医药人才2名，市级专业技术拔尖人才5名。

医院科室设置齐全，有内、外、妇、儿、针灸、推拿、骨伤科等52个临床、医技科室。其中，国家级重点专科3个（含2个建设单位），省级重点专科7个（含3个建设单位），市级重点专科14个，形成了国家级、省级、市级多层次的重点专科建设总格局。

医院坚持中医为主的发展方向，设立了国医堂，承担了国家中管局“中医药预防保健及康复服务能力建设项目”，大力发展针灸科、推拿科、“治未病”科、康复科等中医特色科室。其中，康复科已成为菏泽市及周边地区规模最大、设备最先进、技术力量最雄厚的康复中心。同时，先后投入一亿多元购进了大量的大型医疗设备，如西门子炫速双源CT、西门子1.5T核磁共振、西门子平板大C、医科达图像引导直线加速器、腹腔镜、宫腔镜、膀胱镜、关节腔镜、椎间孔镜、钬激光等，开展了多种内镜诊疗技术、综合介入诊疗技术、血液净化技术、人工膝/髋关节置换术等中西医结合技术。

在贯彻落实城市公立医院改革的过程中，医院不断深化中医药特色优势，拓宽业务领域。医学生殖中心顺利通过验收，具备开展人工授精诊疗资质；国家药物临床试验机构通过现场检查，已有10个品种通过伦理委员会审查；积极筹建三期工程建设项目，开展医养结合服务。

秉承“大医精诚  厚德载物”的院训，医院不断发挥公益性，开展对口支援和帮扶工作，推广中医适宜技术，先后荣获“全省中医工作先进集体”、“山东省中医保健特色示范医院”、“全省惠民医疗先进单位”、“山东省药品不良反应监测工作先进集体”、“山东省文明单位”、“山东省敬老文明号”等荣誉称号。