一、感染性因素
现代医学认为，感染是引起本病的主要原因。
1、因肛裂、痔疮、肛窦炎、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染，可形成肛门直肠周围脓肿。
2、还有某些疾病如溃疡性大肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良等，使身体虚弱，抵抗力减低，而诱发肛门周围囊肿。
二、医源性因素
临床上，医源性引起的肛门直肠周围脓肿也不少见。
1、内痔插枯枝丁疗法，因操作不当或药剂不洁感染形成粘膜下脓肿。
2、直肠周围注射化学药物刺激，引起组织坏死，造成直肠周围脓肿。
三、术后因素
临床上亦可见到肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围脓肿，以及尿道术后感染、会阴部术后感染、产后会阴破裂缝合后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染等引起的脓肿。
四、其它
如枪、刀伤，直肠内异物损伤后感染，淋巴肉芽肿，放线菌病，肛管直肠癌破溃或波及深部的感染，及身体虚弱，抵抗力低下，或患有慢性消耗性疾病，或营养不良，都是肛门直肠脓肿的发病原因。
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