免疫功能低下为隐球菌发病的重要诱因。隐球菌经呼吸道吸入人体，在二氧化碳浓度的影响下，形成多糖荚膜保护层以拮抗宿主的防御机制。在肺组织内形成最初的感染灶，引起肺门淋巴结肿大，也可以在胸膜下形成小结节，酷似结核分枝杆菌感染。
新型隐球菌对脑膜和脑实质有亲和性，中枢神经系统是最常见的受累部位，其他少见的受侵部位有皮肤、骨骼、前列腺、肝、心、眼等。轻微的炎症反应为其特征性反应。晚期病变为肉芽肿，肺部偶有干酪样坏死和空洞形成。本菌通常经呼吸道进入人体。感染的首发部位是肺。
过度劳累或有免疫缺损的慢性病患者(如晚期恶性肿瘤、白血病、长期接受大剂量激素、广谱抗生素及抗癌药等治疗)，吸入真菌后在肺内形成病灶，经血行播散至全身，且多侵入中枢神经系统。
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