1.细菌性肝脓肿 患者寒战、高热较明显，毒血症加重，脓液呈黄绿色，或有臭味，镜检有大量脓细胞，细菌培养可有化脓菌生长。
2.原发性肝癌 一般无明显发热、肝大迅速，质硬而表面不平，甲胎蛋白阳性。B型超声波、CT扫描、肝动脉造影、磁共振检查及肝穿刺活组织检查均有诊断价值。
3.膈下脓肿 常发生于腹腔化脓性感染，如溃疡病穿孔，阑尾炎穿孔或腹部手术之后。脓液积聚在一侧或两侧的膈肌下、横结肠及其系膜的间隙内。核磁共振检查时，在冠状切面上能显示位于膈与肝间隙内有液性区，而肝内正常。
4.肝棘球蚴病 本病合并感染可误诊为细菌性肝脓肿，应详细问病史如畜牧地区或畜牧业。病人先有腹部肿块而后出现脓毒症状，X线摄片或可见钙化囊壁。包虫皮内试验阳性。
5.血吸虫病 在血吸虫病流行区，易将肝阿米巴病误诊为急性血吸虫病。两者均有发热、腹泻、肝肿大等表现，但后者肝痛较轻，脾肿大较显著，血象中嗜酸粒细胞显著增加，大例孵化、乙状结肠镜检查、虫卵可溶性抗原检测有助于鉴别。
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