1.肛肠镜或乙状结肠镜检查
(1)急性直肠炎黏膜充血、水肿、出血、糜烂，表面有黄色脓苔或点状溃疡;
(2)慢性直肠炎黏膜肿胀、肥厚，表面呈粗糙颗粒，有少量黏液;亦可见充血、糜烂、溃疡以及假性息肉形成等。
2.涂片检查
疑有淋球菌感染者，可取患者尿道分泌物或宫颈分泌物，作革兰染色，在多形核白细胞内找到革兰阴性双球菌。咽部涂片发现革兰阴性双球菌不能诊断淋病，因为其他奈瑟菌属在咽部是正常的菌群。另外对症状不典型的涂片阳性应作进一步检查。
3.粪便检查
阿米巴痢疾可发现阿米巴滋养体。
4.培养检查
痢疾杆菌、淋球菌培养是诊断的重要佐证，只要培养阳性就可确诊。
5.抗体及毒素检测
血清抗体检测;毒素检测。
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