潜伏期短，常于进食后数小时发病；沙门菌有时可达2～3日，O157:H7多在3日左右。主要表现为不同程度的中、上腹持续性或阵发性绞痛、呕吐、腹泻等。可有畏寒、发热、头痛、乏力、脱水、酸中毒、休克等表现。
金葡菌和蜡样芽胞杆菌食物中毒时呕吐尤为剧烈，呕吐物可呈胆汁性，可带有血液或黏液。腹泻每日数次至10余次不等。多为黄色稀便、水样便或黏液便。鼠伤寒沙门菌食物中毒时，粪便具有腥臭味，有时可见脓血便。O157:H7型肠出血型大肠埃希菌（EHEC）食物中毒可呈非出血性腹泻、出血性肠炎、溶血性尿毒症综合征（HUS）等不同表现。副溶血弧菌食物中毒常可出现血性腹泻。
病程多在1～3日。金葡菌和蜡样芽胞杆菌食物中毒病程数小时至1～2日。沙门菌食物中毒病程3～5日，偶可达1～2周。EHEC出血性肠炎多在7日内恢复。
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