本病的治疗主要采用药物疗法，对急性期病员除给予有效的药物治疗外，还应采用口服或静脉补液，以免造成体液过多丢失。
1.甲硝唑
口服，10天为1疗程，休息7天后可重复治疗。
2.甲硝磺酰咪唑
1次顿服，治愈率达88.8%，用药两次治疗者治愈率接近100%，副作用少。
3.硝基吗咪唑
成人每日2次，5天为1疗程，儿童剂量酌减。
4.呋喃唑酮
是一种有效的抗梨形鞭毛虫药物，口服剂量：成人每日四次；儿童，分四次服下，连服7～10天，治愈率可达85%～90%。
5.巴龙霉素
本品为一种非肠道吸收氨基糖苷，其药效低于其他药物，但因其肠道吸收量极低，毒副作用小，常用于孕期感染蓝氏梨形鞭毛虫患者的治疗。
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