南京市第二医院感染病科是南京市重点专科，也是南京市收治急性传染病的主要科室。我科主要收治包括霍乱、狂犬病等烈性传染病，以及流脑、乙脑、出血热、麻疹、流腮、百日咳、伤寒、菌痢、艾滋病等各类传染病的防治。其重点研究方向是对乙脑、流脑的临床防治及基础研究，这些研究使得乙脑、流脑的治疗和抢救成功率在全国处于领先地位。对霍乱、伤寒、菌痢等肠道传染病的抢救和治疗，对动物咬伤及狂犬病的预防，对麻疹、风疹等发疹性传染病及其并发症的诊治，对婴儿百日咳的抢救，对流行性腮腺炎并发症的诊治等，均在省内处于领先地位。在突发、重大传染病的防治方面，我科均走在防治工作的前列，如SARS的防治、禽流感的防治、霍乱O139的防治、出血性大肠杆菌O157的防治等。我科在全省率先应用高效抗逆转录病毒治疗方法，对HIV感染者和艾滋病人进行防治，抗机会性感染治疗（包括对PCP的治疗），抢救重危艾滋病人，为国家和江苏省防控艾滋病作出贡献。
