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心血管外科是深圳市孙逸仙心血管医院重要临床科室之一，也是教学、科研的主要承担科室。
目前心血管外科已经开展各种心脏及主动脉手术2500例，手术成功率在97%，总死亡率＜3%（达到先进水平）。所开展的临床业务几乎涉及到所有国际和国内常规开展的工作范围。从病种方面涉及到风湿性心脏病、先天性心脏病 、冠心病、主动脉疾病、心肌病以及心律失常等几乎所有心脏疾病的外科治疗；从年龄划分包括对新生儿（最小的病人为出生39小时龄）、婴幼儿、学龄前儿童、青少年、成人、老年人（年龄＞60岁，最大的病人96岁高龄）的外科治疗。
根据工作的业绩1995年心血管外科被广东省卫生厅指定为〈广东省婴幼儿心脏外科重点专科〉；2001年被深圳市卫生局指定为〈深圳市冠心病外科重点专科〉。
