我院肛肠科建科数十年，是目前南京市城东地区历史最久、规模最大、专家实力最为雄厚、中西医结合诊疗技术最为先进的肛肠专科，为我院重点专科。该科对兰、肛裂、肛周脓肿、复杂性肛瘘、直肠脱垂、肛门直肠狭窄、肛门失禁、直肠阴道瘘、肛门瘙痒症、肛门湿疹、直肠息肉、溃疡性结肠炎、顽固性便秘、肠易激综合症等肛肠疾病的诊疗独具特色。尤其对溃疡性结肠炎、环形混合痔、高位复杂性肛瘘、高位肛周脓肿、顽固性便秘等疾病的诊治居国内先进水平。
    该科人员梯队结构合理，技术力量雄厚，专家医术精淇民。现有主任医师一名，副主任医师一名，主治医师两名，住院医师两名。其中硕士生导师一名，博士一名，硕士四名。科室常年聘请国内知名专家进行技术查房和手术指导，以中西医结合为特点，以肛肠疾病诊治为重点，以微创手术治疗为特色，在南京市具有很高的知名度，深受患者好评与信赖。
    科室由门诊、病房、检查室、中医特色治疗室、手术室五部分组成。
    门诊有专家诊室和普通诊室、肛门病诊室和大肠病诊室、开设的南京地区唯一的肛肠病女医师诊室独具特色，充分保护女患者隐私。
    该科还开设了现代化专科病房，有单、双、三人间，配备先进的心电监护设备和呼吸系统，实行整体护理，配有电视、空调，独立卫生间，病房地处紫金山风景区，空气清新，环境优美。
    科室中西医结合特色明显，设肛门病治疗室和大肠病治疗室，肛门病治疗室运用高频电容场痔疮治疗仪、中药熏药仪及微波治疗仪，治疗肛门部疾病及促进术后伤口愈合，疗效显著；大肠病治疗室运用我科首创CHD-1000A型多功能自动全结肠给药器治疗大肠炎症性及功能性疾病，优势显著。
    科室配备肛肠病综合诊疗仪、超声刀、全结肠给药器、微波治疗仪、中药熏蒸仪、电子纤维结肠镜等先进的诊疗设备。
    科室以科研为先导，以质量为核心，以服务为重点，获得国家发明专利两项，曾荣获江苏省中医药科技进步二等奖及南京市科技进步三等奖，南京市新技术引进奖等多项奖项，获得省市级科研立项多项。编纂学术专著多部，核心杂志发表学术论文多篇。