牡丹区中心医院外科是菏泽市起步较早的手术科室，现拥有病床60张，病房内配置有空调及水冲式卫生间。有医护人员20名，其中高级职称2名，中级职称10名，中高级职称的医生都曾在北京中日友好医院、山东省立医院、齐鲁医院研修学习1年以上，并与以上医院建立长期合作关系。外科是一个大综合小专科的科室，涵养普外、骨外、泌尿外、胸外等。成功开展了以下工作技术和工作特色：
    普外科成功开展了：甲状腺癌、乳腺癌、胃癌、结肠癌、直肠癌、胰腺癌、肝脏部分切除、胆囊切除、胆管癌、胆石症、无张力性疝修补术等大中型手术，技术娴熟。
    骨外科成功开展了：各类四肢骨折切开复位钢板内固定术、（髓内钉、张力带钢丝、外固定架）固定术、肌腱断裂吻合术、膝关节清理术、内外侧半月扳切除术、踝关节融合术、腰椎间盘突出切除术、腰椎管狭窄减压术、先天性髋关节脱位手术复位固定术、先天性踇外翻矫形术、股骨头缺血坏死病灶清除取带肌蒂骨块植骨内固定术、人工股骨头置换术、人工全髋膝关节置换及翻修术、开放性骨折截肢术等。
    泌尿外科主要从事:嗜络细胞瘤、原发性醛固酮增多症、肾癌、肾结核、肾积水、肾囊肿、多囊肾、错构瘤、输尿管狭窄及肿瘤、膀胱癌、腺性膀胱炎、膀胱憩室、前列腺增生、前列腺癌、睾丸鞘膜积液、隐睾、精索静脉曲张、睾丸肿瘤、尿潴留及泌尿器感染、结石等疾病的诊断和治疗。
泌尿外科成功开展了：肾部分切除术、肾癌根治术、肾切除术、肾盂切开取石术、肾切开取石及肾盏整形术、肾固定术、多囊肾去顶减压术、肾造瘘术、肾修补术、肾盏成形术、输尿管切开取石术、输尿管膀胱吻合术、膀胱外输尿管隧道延长术、膀胱癌部分切除术、****无张力吊带术、回肠膀胱术、耻骨上前列腺切除术、睾丸固定术、睾丸鞘膜翻转术、精索静脉曲张高位结扎术等。
    胸外科开展了：食道癌、肺癌的切除术，外伤颅内血肿清除术和脑血管破裂出血引流术等。