南京市浦口区中医院肛肠科为“南京市肛肠重点专科”和“全国中医肛肠重点专科”。系以科研、临床为一体的临床科室，现有病床30张，内设有专科手术室、治疗室、检查室，现有医师6人(副主任医师1人，主治医师3人，住院医师2人)。护士7人（主管护师2人，护师3人，护士2人）。年门诊病人近3千人次手术病人600人，肠镜检查700多人次，肠镜下治疗80人，为江北唯一开展“结直肠”镜下治疗的科室。采用以中医为主，西医为辅综合性治疗，主要治疗：结直肠肛内外各种疾病。（包括各种痔、痿、裂、肛门皮肤病，结直肠息肉、直肠肿瘤直肠前突、直肠粘膜内套叠胞重、耻骨直肠肌肥厚、溃病性结直肠类、直肠瘤等疾病）。

    从1988-2003年邀请数十位来自全国肛肠中心、具有中高级以上职称的专家坐诊及手术，进行对口专科支援，2003年10月份我院肛肠科经县、市、省卫生部的审核，国家中医药管理局批准，在南京市浦口区中医院成立“全国中医肛肠医疗中心浦口专家会诊中心”。由全国肛肠学会会长、全国肛肠医疗中心主任、博士生导师丁义江教授为首的20位高级职称专家组成。2005年把浦口区中医院肛肠科列为“南京市肛肠重点专科”。 2008年由国家卫生部批准为“国家重点专科建设单位”。

    2006年开展肛肠科无痛手术、电子肠镜检查；2007年开展了中药洗浴疗法；70%门诊患者采用中草药临床使用，住院患者100%采用中草药煎剂熏洗，创面外用全部使用丁氏祖传膏、丹、散。2008年来发展巩固了中医传统对肛肠疾病的治疗，又开展了术后无痛技术疗法、白降丹的内痔外涂枯痔法、高低位剥离结扎法治疗三期环状混合痔。

    2007年购置更高档进口电子肠镜，并增加了技术硬件条件，如排粪造影、结肠运输功能试验检查等项目，更有效地配合开展便秘专科建设的诊断和治疗。对肛肠科原有病区进行现代化改造，把原有20张病床的病区改建为具有30张病床、功能齐全、流程合理的现代化示范病区。