南京儿童医院中医科是江苏省最早成立的中医儿内科之一，为中医儿科的发展和诸多院内中药制剂的形成做出重要贡献，至今抗601、呼吸通等药物仍广泛应用于我院儿科临床，并以其药简效宏的特点为广大患儿及家长所欢迎。中医科在在学科建设上注重理论水平和实践能力的整体提高，通过进修深造学习本学科的新知识、新技能及同行业的新经验；医疗实践中运用中医药辨证论治的优势个体化治疗，注重病员追踪随访，总结经验，病员覆盖江苏及周边省市。医疗实践的同时积极开展相关疾病的应用基础研究，指导临诊实践，提高医疗水平。
 
技术力量
　　现有副主任医师1名，主治医师2名。
 
专科特色
    开展儿科常见病、多发病的中医及中西医结合治疗，尤其小儿肺系、脾系、肾系疾病如上呼吸道感染，支气管炎、支气管哮喘；厌食、积滞、疳证、泄泻、便秘；遗尿、汗证等疾病的治疗。
    擅长于反复呼吸道感染、慢性咳嗽、慢性腹泻的治疗。
    内治与外治相结合，运用针灸、推拿、穴位贴敷方法，内外合治，增强疗效，易于为患儿接受。
    秉承中医学治未病的思想，运用传统中医方法指导小儿喂养及四时疾病预防，并在机体失调状态干预，防止疾病的发生。