安徽省第二人民医院心胸外科是医院重点发展的特色学科，于2010年11月正式创建，于2011年9月在卫生厅领导下实现原新安医院与友谊医院的两院整合，两院区心胸外科合并后医疗队去进一步壮大，目前是安徽省先天性心脏病手术定点单位、安徽省民政厅惠民单位、安徽省红十字会慈善基金救助单位。
有两台进口人工心肺机、Stryker胸腔镜、强生超声刀、美国Aricure双极射频消融发生器、Scanlan胸腔镜手术器械、10台进口呼吸机、全套进口德国飞利浦监护仪等先进设备，拥有26张普通病床。拥有专为心胸外科设置的手术间，是集医疗、教学、科研为一体的特色学科。
科室有临床医师12人，灌注师4人，其中博士、博士后1人，硕士3人。高级职称2人，中级职称4人，初级职称6人，有胡晓俭主任、张小宁副主任、毕华俊副主任为代表的一批优秀专家学者，分别曾在上海胸科医院，广东省心血管疾病研究所，北京大学附属医院学习深造，并保持良好的交流。科室注重梯队建设，注重人才培养，扩大对外交流。业务涵盖心胸外科各领域，诊治水平达到省内领先水平，通过良好的技术水平，合理的收费，优质的服务树立了良好的口碑，目前前来就诊的患者不仅有省内各个地区，还有来自周边省市的患者，年住院人次近千人。
现在，心胸外科全体人员朝气蓬勃，开拓创新，以“团结、关爱、求实、进取”的精神为指导，一切以患者为中心，走创新之路，立足合肥、着眼全身，继续发展壮大心胸外科事业，努力建设成为医、教、研为一体的心胸外科诊疗中心