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感染性疾病诊疗与研究中心下设2个临床科室和1个研究室，主攻方向为急性肝病、艾滋病、各种新发、突发感染性疾病的中西医结合诊断、治疗与研究。收治范围“广”而“全”，尤其擅长呼吸道、消化道传染病、中枢神经系统感染、发热待查及人畜共患病等传染病的诊治，收治病种多达30余种，收治患者年平均2000余人次，在军内外享有很高的知名度。 中心是全军艾滋病诊治与会诊中心，在艾滋病抗病毒治疗以及各种机会性感染的诊疗方面特色突出。从1990年收治中国大陆第1例艾滋病患者开始，至今已诊治军地HIV/AIDS患者300余例次。2005年获得SFDA颁发的感染性疾病和艾滋病专业药物临床试验机构的资格，并完成多个艾滋病和病毒性肝炎治疗药物的II、III期临床试验。 同时，中心还负责全军疑难、重症传染病的会诊及转诊任务，承担院内外各种传染病的会诊和中央领导出访时传染病防治的保障任务。是传染病临床教学基地，承担着北京大学医学部传染病学授课任务以及所有临床见习、实习任务，每年接收进修医生的数量为医院之最。
