常熟市临床脑科医学中心定点于二院，分设神经外科、神经内科两大专业。
神经内科是苏州市、常熟市临床重点专科，创建于上世纪90年代初，并与上海脑血管病研究所联合成立了常熟市中风防治中心。对大量脑出血、脑室出血、蛛网膜下腔出血、脑卒中伴情感障碍、帕金森病及癫痫等进行了一系列的临床研究工作，急慢性脑血管病、癫痫、肌肉疾病、帕金森病及神经症的诊治技术在本市处于领先地位。1998年率先在本市开展了微创钻颅血肿引流术治疗脑出血和脑室出血，至今已达500多例，成为全国的协作医院。2001年至今，在本市率先开展了神经心理测评，脑脊液细胞学检查，神经电生理检测，中央视频神经监护、动态／视频脑电图检测。目前成功开展了全脑血管造影及脑血管病的溶栓治疗及介入治疗，并成立了卒中单元，使脑血管病患者得到更有效、更规范的诊治。10多年来成功治疗病人达10000余例，年专科门诊达15000多人次。获得苏州市级科技奖2项常熟市级科技奖4项，目前承担着多项省、市科研项目，成为本地区脑血管病及其他神经科疾病的研究、预防、治疗基地。
