南京脑科医院中医科建立于1956年。1996年11月通过了南京市卫生局“示范中医科”的验收，成为“示范中医科建设达标单位”。
中医科现有主任、副主任医师3名，主治中医师3名，住院医师3名，针灸医师2名，设有中医床位30张及中医特色专科门诊。
中医科发挥中医中药特长，采用内治、外治、针灸等，结合现代医学技术，在脑血管病、周围神经病、锥体外系疾病、肌病、神经系统变性病、脱髓鞘病等神经系统疾病有独特的疗效。门诊针灸室及病区内针灸室应用电针、体针、舌针、头皮针、神灯、火罐等治疗手段，开展多种神经精神系统疾病的治疗。
