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药剂科为医院重要医技科室，现设有长江路门诊西药房、中药房,专家门诊西药房、中药房,住院部西药房、中药房,分院西药房、干部药房、新特药房、西药库、中药库、普通制剂室、药检室、药学研究室、资料室等15个部门。科室现有药剂人员105人，会计3人，技术工人8人。其中主任药师5人，副主任药师19人，主管药师31人，药师10人，药剂士4人。有博士2人，硕士7人，本科学历41人。
药剂科目前的中心工作除满足临床用药的采购、供应外，已从保障供应型向以病人为中心的药学技术服务型转型，大力开展临床药学工作，建立信息交流;血药浓度监测;合理用药咨询;药品不良反应监测，科研、教学齐头并进。2004年药剂科与安徽医科大学药学系联合申报硕士学位授予点并获得成功。年门诊处方量 82万张，住院年处方量20.6万张，年药品总销售金额3.5亿元以上。
