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1959年1月，成立中医病房，由郑更生等医师主持工作，开展中西医结合治疗冠心病并开设针灸门诊。1969年，开设中医门诊，由郑更生、王新琴等医师运用针灸、水针结合的方法治疗风湿性心脏病。1982年4月，利用地下室开设中西医结合病房。收治普肺、肺部肿瘤、心律紊乱、冠心病等病人。1990年11月，成立中医科，任命顾梦彪为科主任。1994年4月，中医科改为中西医结合科。1995年，任命金长娟为主任，同年开设专家门诊。
经过40多年的发展，中西医结合科已成为上海市胸科医院临床学科的重要组成部分。长期从事中医、中西医结合的支气管肺癌、食管癌的医疗、科研工作，整体水平处于国内领先地位。目前，拥有主任医师1名，副主任医师1名，主治医师2名，住院医师3名（医学博士1名，硕士2名，在读硕士1名）。现有病床23张。主要在支气管肺癌、食管癌、支气管扩张、病毒性心肌炎、慢性心力衰竭等心胸疾病以及晚期肿瘤的脑、骨转移的治疗中积累了丰富的经验。
