上海华山医院抗生素研究所前身为抗生素临床应用研究室， 成立于1963年， 至1985年扩建为抗生素研究所。该所同时也是我国国家教育部(原国家教委)首批批准的传染病学科博士点，重点学科，211重点建设项目和目前批准的国家教育部重点学科，也是卫生部重点开放实验室 - 抗生素临床药理室，国家细菌耐药性监测中心，国家抗感染新药临床试验研究中心。

    上海华山医院抗生素研究所的主要研究方向为感染性疾病的诊断与治疗，抗感染药临床药理研究及临床评价和细菌耐药性防治研究。研究所有各级医师12名，各级研究人员13名，承担了大量的医疗工作，包括感染病病房，感染病门诊患者的诊治，以及院内，外疑难，危重感染性疾病的会诊和救治。

    研究所同时承担了感染性疾病诊治，细菌耐药性防治和细菌耐药性机制研究等科研任务，是国家科技部(原国家科委)"六五"，"七五"，"八五"，"九五"攻关项目的承担者，均已完成并通过验收。多年来获得国家自然科学基金资助项目十余项。在抗菌药合理应用，抗菌新药临床研究，细菌耐药性防治等方面获国家科技进步奖 项，部委级成果奖20余项。20世纪80年代以来对国内外开发研究的数十种抗菌新药进行了系统的临床和实验评价，目前是国家抗感染药临床研究基地。

    多年来上海华山医院抗生素研究所在感染性疾病诊治领域内，与国内外同行进行了广泛的学术交流，研究所与美、英、日、德、澳大利亚等著名高等学府在细菌耐药性方面进行了课题研究，研究结果达国际水平，在国内居领先地位。1985年在上海创建了跨学科的感染化疗学会；1995年创办《中国抗感染化疗杂志》，现已在国内外公开发行，在医学界同行中具深远影响。