首都医科大学附属北京儿童医院外科早在1976年既开展了新生儿外科专业，诊断和治疗新生儿、婴幼儿外科疾患之多，在国、内外均居于领先之列。曾挽救了无数危重的新生儿、婴幼儿患者并使其能够象正常同龄儿一样生长发育，多年来积累了丰富的临床经验及良好的治疗效果。目前，对于以往死亡率很高的严重的先天畸形，如先天性食管闭锁合并气管食管瘘、先天性隔疝等，其抢救及治疗成功率可高达90%±。每年收治的新生儿先天性巨结肠患儿约60-80例，其中对短段及常见型患儿采取了经肛门改良Soave 巨结肠根治术，获得了良好的效果。最近几年，我专业在国内率先开展了微创伤的腹腔镜手术，如腹腔镜幽门环肌切开术、腹腔镜巨结肠根治术（长段型）、腹腔镜卵巢囊肿切除术等，使手术对患儿造成的打击明显减小，术后恢复很快，而且手术切口瘢痕微小美观，此项技术在国内处于领先地位。对腹壁裂、脐膨出及先天性肠闭锁的治疗效果均处国内领先地位，对各种肛门直肠畸形的治疗效果近年内也有很大的提高。
    本专业用有床位20张，新生儿抢救台2张，主要收治出生0-2岁患有各种外科疾病的患儿，平均每年可收治400名左右患儿。