药品管理部现有员工60人，其中主任药师1人，副主任药师6人，主管药师28人，药师7人。学历状况：博士1人，硕士6人，本科学历13人。 药品管理部主任：付秀娟，主任药师，硕士研究生导师，学科带头人; 药品管理部副主任：朱大胜。

　　药品管理部是负责管理医院临床用药和实施各项药学技术服务的科室。负责医院药事管理与药物治疗学委员会、医院药品不良反应监测委员会、医院处方点评委员会等院级管理机构的常务工作。按照《药品管理法》、《处方管理办法》等法律法规，监督指导医院药品管理和合理用药、药品质量管理、药品不良反应监测工作。

　　1948年二院建院时就建立了药局。1958年前药局只负责全院门诊和住院病人的中西药调剂工作和制剂工作。70年代药剂人员增至35人。1984年5月药局从供应科分出，药剂科开始负责药品的采购、供应、药调配和临床常用制剂配制。 2009年2月，按照吉林大学的要求，药剂科改称为药品管理部。

　　药品管理、药事管理： 1999年，药库药品实现了网络化管理，药房实现了金额和数量的微机化双重管理;药品调剂双复核发药制度。 2001年，医院在用抗菌药物实行吉林省政府招标采购;2003年，医院在用抗菌药物、呼吸系统药物、心脑血管药物、消化系统药物、中成药实行吉林省政府招标采购;2005年，医院在用全部药品实行政府招标采购。2007年，实现全省医院药品限制挂网、竞价采购。2008年，药品管理部采购药品金额2.439亿元，药品销售额2.7883亿元，药品收入占医院总收入的39.3%。

　　临床药学： 医院药品不良反应报告和监测工作在全院医护人员的支持，建立了有效的药品不良反应报告体系---医、护、药监测网络，有效地保证了信息的及时传递。2009年上报药品不良反应300余例，取得很好的成绩。

　　按时做好卫生部的抗菌药物监测网的数据上报工作、吉林大学的抗菌药物动态监测上报工作。 2006年，付秀娟荣获卫生部抗菌药物监测网个人奖，二院荣获抗菌药物监测网报表优秀奖。 2006年12月设立门诊用药咨询窗口，为患者提供合理用药咨询服务。 2007年，开展处方点评工作。编辑出版《药剂科工作指南》、《吉林大学第二医院药品目录》。

　　2007年5月按照《医疗机构药事管理暂行规定》，药品管理部设立临床药师岗位并制定临床药师培训计划。目前临床药师工作处于起步阶段，参与查房和会诊，指导护士安全用药，协助医生做好新药上市后的观察工作，对特殊病人记好药历。

　　药品管理部定期编辑《药讯》，由药师撰稿，内容有药学服务、药事管理、临床药学、药物知识等。 2008年，通过院内OA网“药剂中心”登载政策法规、最新消息、临床药学、用药常识等内容，受到医师、护士的欢迎。

　　教学工作、员工培训： 2006年，药品管理部与吉林大学药学院联合开展本科生医院药学教学工作。有4名药学专业硕士研究生在读或毕业。3位药本科生在制剂室毕业实习并完成毕业论文。药品管理部现有22位药师具备国家执业药师资格并参加每年执业药师继续教育。

　　医院制剂与药检工作 1999年至2001年4月，制剂室设计安装10万级的净化空调设备，并添置真空均质乳化机、数字式自动灌装封尾机等制药设备。按国家食品药品监督管理局《医疗机构制剂配制质量管理规范》(试行)要求建立制剂管理文件。 2001年5月，制剂室通过吉林省药检局换证验收检查，生产内服、外用、中药等11个剂型的34种药品。 2005年11月，再次通过吉林省药检局换证验收检查。受国家政策影响，制剂室日渐萎缩，目前仅生产利咽灵、婴儿霜10余个深受患者喜爱的制剂品种。2006年，制剂室改用蒸汽发生器供汽制水灭菌，药检室添置WATERS510高效液相仪1台。