耳鼻咽喉科成立于1955年， 1983年成为南通市医学重点专科，现有床位33张，医师中享受国务院津贴专家1名，高级职称医师8名。与南京军区总医院、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院、上海长海医院、北京同仁医院等保持着密切的协作关系。

　　该科配备有全套国外进口的先进的听力系列检测设备、高清晰数码电子鼻咽喉镜、鼻内镜、耳内镜及显示成像设备和精良齐全的手术器械、微波低温等离子治疗仪等先进设备。

　　该科注重临床与基础研究相结合，耳显微手术、喉显微手术及鼻内窥镜等微创外科技术不断成熟并成为专科特色。目前常规开展嗓音疾病的诊断和治疗，已完成嗓音病的喉显微手术数千例，喉癌行微创半喉切除发音功能重建术省内领先;创新开展了鼻内镜下各种鼻炎、鼻窦炎、顽固性鼻出血、鼻腔-鼻窦肿瘤及脑脊液鼻漏等颅底病的手术治疗;广泛开展过敏性鼻炎的过敏原检测、诊断和脱敏免疫治疗等新技术项目及鼾症(阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征)、耳聋、眩晕及耳鼻咽喉科肿瘤的诊断和综合治疗。

　　该科承担了南通大学、南京医科大学耳鼻咽喉—头颈外科的临床教学和科研工作。近年来多次获省、市科技进步奖和优秀新技术项目奖，在国家级和省级刊物上发表论文80余篇。