南京医科大学口腔医学研究所前身为南京医科大学口腔医学院组织工程实验室，始建于2001年。2004年12月正式更名为“南京医科大学口腔医学研究所”，是省内首家具有较大规模、较高档次，可开展较多项目的口腔医学研究基地。总投资近一千万，下设口腔分子生物学、口腔组织工程学、口腔微生物学、口腔材料学、口腔医学影像诊断学、口腔机能学等分支实验室，拥有一批先进的仪器设备，可以进行各类口腔基础及部分临床研究项目。创建以来，吸收各方面的人才、资金，为本院和本省口腔医学的发展提供科技支撑，为博士、硕士的培养及高水平科研成果的取得提供平台。我所研究特色为基础理论与临床实践密切结合，主要研究口腔医学领域中严重危害人类健康的常见病、多发病。目前承担多项国家自然科学基金及省、部级科研项目。
