上海儿童医学中心小儿心胸外科的前身是上海新华医院小儿心胸外科，于1999年4月搬迁到浦东这所新医院。该专科创办于1974年，在国内首先建立了小儿先天性心脏病的诊治，开创了国内婴幼儿心脏直视手术先例。34余年来，该专科先后被列为上海市重点学科及小儿先心病临床医学诊疗中心，1999年成立了上海市小儿先心病研究所。已施行先天性心脏病手术20000余例，50%为复杂的病例，最小年龄为出生后6小时，手术总成功率达97%以上。在这所现代化的医院大楼里，全年恒温通风，有宽敞的医疗环境，具有国际先进的医疗诊治设备和医疗技术，与国际著名的美国波士顿儿童医院有着20余年的合作关系，其医疗收费按国家统一标准，谒诚为全国及部分海外病儿服务。
   
    上海儿童医学中心小儿心胸外科拥有先进的医疗设备和实验室、资料室，使医、教、研融为一体。自2007年4月20日搬迁至心脏中心新大楼后，医疗运作规模不断扩大，现有三个病区床位106张，重症监护病区床位47张，有专用的6间手术室。2007年施行先天性心脏病手术及普胸（肺、胸腔内肿瘤、漏斗胸等）手术已达2500余例，是国内外儿童医院中先心病手术数量最大的医院。
   
    上海儿童医学中心小儿心胸外科技术力量雄厚，有数十年临床经验的专科医师和护理人员。现有正副高级职称的主任医师20名，中级职称的主治医师9名；医学博士17名，医学硕士7名；博士生导师4名，硕士生导师5名。并已培养了一支素质高、作风好、技术精的专业骨干队伍和完整的技术梯队，为国内各省市近30多个单位培训了小儿心血管专业人员，在国内初步形成了以治疗小儿先心病为主的医教研中心。
   
    上海儿童医学中心小儿心胸外科主要医疗特色：开展婴幼儿各种复杂先天性心脏病手术（包括完全性大血管错位、单心室、完全性房室通道、右室双出口、完全性肺静脉异位引流、永存动脉干、主动脉弓中断、纠正型大血管错位、肺动脉闭锁等各类复杂先心病，其诊疗水平在国内一直处于领先地位，已达国际先进水平。并开放绿色通道，在诊断和手术治疗上做到24小时全天候服务。

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