上海儿童医学中心内科始建于1998年，是一支光荣而团结的队伍，额定临床总床位133张，所设专业涵盖PICU，新生儿（包括NICU）,呼吸，肾脏，免疫，神经，消化，内分泌等。广泛开展了持续血液净化，纤维胃镜，纤维肠镜，纤维支气管镜，肺功能测定，过敏源针刺筛查试验，脱敏治疗，鼻粘膜脱落细胞学检查，食物激发试验，食入物变应原筛查，胰岛素样生长因子测定,肾脏组织学检查，肝脏组织学检查等先进技术的应用。现拥有8名主任医师，16名副主任医师；包括博士生导师1名，硕士生导师4名；门急诊总量每年以平均15%的速度持续增长，2007年达到527095人次，出院病人数达3118人次。
  
    科室率先在医务系统内建立了急救绿色通道，新生儿重症病人院外转运系统，得到了广泛好评，并在全市推广。成立10年间获得了多次荣誉：2000年荣获上海市卫生系统“建、创、做”特色成果二等奖；2002年度第二医科大学“巾帼文明示范岗”；2002—2003年度上海第二医科大学“文明科室”的称号；2002-2004年度上海市医务系统文明班组；2003-2004年度上海市文明班组。