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南京军区南京总医院临床药理科的前身是1974年成立的临床医学实验科药理室；1983年独立设置药理科，1995年军队整编更名为临床药理科。
现为国家卫生部和国家药品监督管理局药品临床研究基地、全军临床药理基地、国家卫生部人体生物利用度测试单位(全国共九个，军内唯一的单位)、江苏省医学重点学科、全国临床药学试点单位、全军治疗药物监测质控中心、南京军区临床药理中心，是南京大学医学院、第二军医大学药学院硕士学科点。
现有人员：主任药师3人，副主任药师5人，主管药师3人，护士1人，技术员1人。具有博士学位4人(含博士后1人)，硕士学位2人。第二军医大学兼职教授2人，副教授5人，讲师2人，南京大学医学院教授1人、副教授3人，讲师1人。
