江西省儿童医院新生儿外科于2009年9月1日从普外科分出正式单独建科，科室实行无陪护封闭式管理，设编制床位25张。
科内配备先进的HKN辐射抢救台、心电监护仪、营养竖泵30台。另外，该科设有可视探视系统，病室中探视摄像头将患儿影像通过探视系统传递到探视间大屏幕上，家长可以清楚地看到患儿的全部情况。
本病区主要收治自出生至4个月以内患儿，诊治病种包括：1、各种先天性畸形：食管闭锁和气管食管瘘、胃壁缺损、 幽门梗阻(肥厚性幽门狭窄、幽门前瓣膜、闭锁)、十二指肠梗阻(十二指肠闭锁、肠旋转不良、环状胰腺、)、肠闭锁和肠狭窄、肠重复畸形、巨结肠、直肠肛门畸形(伴有瘘或无瘘的高、中、低位无肛)、膈疝、腹裂和脐膨出、脊膜膨出、胆道畸形(胆总管囊肿、胆道闭锁等)、卵黄管及脐尿管畸形；2、感染：新生儿皮下坏疽、软组织感染、坏死性小肠结肠炎、胎粪性腹膜炎、各种原因所致的消化道穿孔等；3、肿瘤：各部位畸胎瘤、新生儿及小婴儿神经母细胞瘤、肝母细胞瘤、淋巴管瘤、血管瘤、卵巢囊肿、肠膜囊肿等。
对于中高位先天性肛门直肠畸形的治疗应用新生儿期结肠造瘘，以后二期行Pena术治疗中高位肛门直肠畸形，使手术效果明显提高。先天性巨结肠是新生儿专业的常见疾病，本专业开展了新生期的I期巨结肠根治术并取得了良好的效果。此外随着静脉营养的应用，越来越多的长段型甚至全结肠型巨结肠可以在新生儿及小婴儿期I期完成巨结肠根治术。腹裂和脐膨出既往死亡率较高，绝大多被放弃治疗，应用免缝改良silo袋延期手术方法治疗后，这两种疾病的成活率明显提高，现无严重合并畸形和并发症都多数可成功治愈。胆道闭锁在生后40-60天行kasai手术者近期疗效较满意，80-90%以上患儿大便由白变黄，效果良好都皮肤和巩膜的黄染在术后2-6个月逐渐完全消退。在微创技术应用方面，本专业开展了腹腔镜下幽门环肌切开术、巨结肠根治术、十二指肠梗阻手术(肠旋转不良矫治术、十二指肠吻合术)、黄疸胆道探查术、腹腔肿瘤探查活检术、高位无肛直拨肛门成形术等，积累了较丰富经验。
