广州市妇女儿童医疗中心感染科是收治儿童感染性疾病的专科医疗部门。收治儿童各种感染性疾病、除结核病以外的法定传染病。下属科室有：儿童院区隔离门诊、珠江新城院区隔离门诊、感染病区。　　感染科目前病房开放床位40张，配备有各种先进的仪器设备，如飞利浦MP70型多功能监护仪系统、德尔格呼吸机、血氨监测仪、血糖仪等。 　　现任感染科主任徐翼，副主任医师，儿童感染性疾病专业博士，中华医学会广州分会第一届肝病学会委员，广州市第二届突发公共卫生事件应急专家委员会儿童医疗救治专家组成员，《中国实用儿科杂志》和《临床肝胆病杂志》编委。从事儿童感染性疾病研究近20年，临床经验丰富，能独立解决一些复杂疑难的重大技术问题，解决患儿的内科情况及主持危重病人的抢救工作，为患儿制定、实施合理的治疗方案。　　目前，广州市妇女儿童医疗中心感染病区年出院病人近2000人次，隔离门诊年门诊量超过50000人次，在全国儿童医院感染专业中名列前茅。近年在抗击儿童手足口病和甲型H1N1流感疫情战斗中，作为广东省重症手足口病和甲型H1N1流感定点救治单位，在中心相关部门科室配合下，抢救成功率98.6%。收集和掌握了危重症手足口病和甲型H1N1流感第一手临床资料。建立手足口病防控体系，早期甄别，早期处理，关口前移，显著降低危重症患儿死亡率。危重症手足口病救治经验得到广州市卫生局肯定，并在全广州市市属医院中推广，在重症手足口病和甲型H1N1流感等儿童重大传染性疾病防治方面积累了丰富临床救治经验。　　在其他儿童感染性疾病救治方面，包括各型病毒性肝炎、婴儿肝炎综合征、麻疹、水痘、流行性腮腺炎、流行性感冒、传染性单核细胞增多症、伤寒、副伤寒、猩红热、细菌性痢疾、新生儿破伤风、恙虫病、阿米巴痢疾等各种病毒、细菌及寄生虫所致的疾病。尤其对有基础疾病合并病毒感染，多脏器功能损害的危重症救治，疗效显著。　　感染科将以精湛的医疗和护理技术、规范的人性化管理，竭诚为广大患者提供医疗、保健优质服务。院区分布：珠江新城院区、儿童医院院区均设有隔离门诊（周一到周日，上午8:00-12:00，下午14:00-17:00 ）儿童院区设有感染病区病房（为住院患者提供24小时医疗服务）