普外科是北京世纪坛医院重点科室之一。下设腹腔镜中心、腹壁与疝外科治疗中心、肥胖病治疗中心、肝胆外科中心。以各专业化的中心为特色，强调深入研究，扩大交流，保持与国内国际先进水平看齐。

　　能够完成特大、高难度手术，如巨大而复杂的肝癌，肝巨大血管瘤，晚期肿瘤，门脉高压上消化道大出血，胆管癌特别是肝门部高位
 
     胆管癌，巨大胸骨后甲状腺肿等的高难手术。能抢救各类休克、大外伤多脏器功能受损、重症胆管炎、重症胰腺炎等特别危重患者。特别是各中心的临床和研究工作均处国内先进水平。在胃肠功能研究方面，根据病情，进行个性化选择、实施肠内、肠外营养，对肠梗阻、肠瘘、过度肥胖病人、重症胰腺炎、大创伤的治疗迅速而有效。

    现有正主任医师2名，副主任医师6名，博士2名，硕士6名，硕士生导师3名，护士31人，主管护师4人。

    腹腔镜中心
 
　　开展了各种高难、前沿的腹腔镜手术：如腹腔镜下胃癌、肠癌的根治术，腔镜下甲状腺手术，腹腔镜疝气手术(特别是婴幼儿的超微创手术)，腹腔镜肠粘连探查、松解术，腹腔镜探查及肿瘤分期、定位术，腹腔镜单口阑尾切除术。名列国内先进水平。
 
    肥胖病治疗中心

    开展了各种治疗肥胖病的腹腔镜手术，包括腹腔镜胃减容、肠减容以及胃肠转流的减肥手术，成为北方地区第一个开展此类手术的单位，科主任张能维教授为中华医学会全国专业委员会委员及亚太地区肥胖病治疗中心的专家。
肝胆外科中心
 
　　对晚期肝病和肝脏肿瘤的诊断和治疗有独到造诣。能治疗巨大而复杂的肝癌，肝巨大血管瘤，晚期肿瘤，门脉高压上消化道大出血，胆管癌特别是肝门部高位胆管癌。对各种复杂的胆管结石，均能避免开腹，而采用腹腔镜、胆道镜"EST"三镜结合进行治疗，腹腔镜肝囊肿开窗引流术。
 
    腹壁与疝外科中心

    对各种复杂、巨大的腹内及腹外疝的个性化治疗，既有效地减轻了病人的痛苦和并发症，又降低了费用。

    现有床位55张，有腹腔镜三台、胆道镜、胰十二指肠镜、超声刀、氩气刀等先进设备。