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内窥镜室占地面积一百多平方米，环境优雅，开放式诊室宽敞、明亮，透过大型玻璃窗，可直接观察到整个检查过程。中心拥有奥林巴斯EVIS240电子胃肠镜、十二指肠镜、支气管镜、膀胱镜以及微波治疗仪、高频电凝电切刀、球囊扩张器等一系列内镜的相关设备及器材。采用先进的管理方式，配备了高素质的医护队伍，其中高级职称4人，中级职称3名，所有人员皆曾在国内各大医院进修，有丰富的临床工作经验，跨专业、多学科联合发展。拥有电子胃肠镜、十二指肠镜、支气管镜、膀胱镜以及微波治疗仪、高频电凝电切刀、球囊扩张器等一系列内镜的相关设备及器材，开展了常规及无痛电子胃镜、电子结肠镜、十二指肠镜、纤维支气管镜、 膀胱镜的检查与治疗，能进行消化道息肉的切除、取异物、内镜下止血、食道狭窄的扩张及支架植入术、乳头肌切开取石、引流、支架等诊疗项目。
2002年4月，在省内率先成功地开展了无痛胃肠镜检查，并达到省内先进水平，让数百名患者享受了实实在在的实惠，在同行中引起关注，科研课题《无痛胃肠镜诊疗技术研究》荣获三明市科技进步三等奖。
