针灸科1956年由全国著名中医针灸专家吴悼先教授创建，是四川省重点学科科室之一，在全国最早获得博士学位及硕士学位授予权，经过50年的建设和发展，逐步成为研究方向稳定、诊疗水平先进的医院骨干科室。创建初期就拥有吴悼先﹑薛鉴铭﹑李仲愚、李佰林、蒲湘承、余天华、王诗铭等一批全国著名的针灸专家，现有医护人员26人,其中正高职称2人、副高职称7人、中级5人、博士1人,病床48张。四川省名中医1人，硕士生导师3名。

    针灸科以中医传统疗法与现代康复疗法相结合，治疗神经系统和骨关节疾病功能性改变、非外科性疼痛为主的疾病以及临床各科疾病后期和亚健康状态，针灸治疗是采用针刺、灸、拔罐等中医传统疗法为主，辅以中药、中药敷贴，并与现代康复疗法的关节松动术、神经发育促进技术和作业疗法相结合，配合康复器械和高、中、低频电针仪、离子透入、激光仪、埋线等综合治疗方法，以疏通经络、调和气血、调理阴阳，平衡脏腑而达治疗疾病的目的。主要诊治病种有，神经系统疾病（脑梗死、脑栓塞、脑溢血的非手术治疗）、脱髓鞘疾病、病毒性神经炎所致的面瘫、小儿脑瘫、末梢神经炎、偏头痛、失眠、眩晕、脑外伤恢复期，各种痛症（痛风、关节炎、风湿性关节炎、胃痛、腹痛、痛经、头痛），骨和骨关节疾病的功能改变（颈椎病、腰椎病、肩周炎、坐骨神经痛、骨质增生性疾病、急性扭伤、肌肉劳损），各种内科、妇科杂证的恢复期以及亚健康状态。