1985年设置传染科，主要收治患有相关疾病的船员。后由于疾病谱的变化，感染性疾病发生率下降，于2001年撤销传染科，并入内一科，下设感染病房、肝病门诊和肠道门诊。肝病原体门诊是全国肝病协作组确认的临床治疗基地之一，对病毒性肝炎尤其是乙型病毒性肝炎的诊治有丰富的临床经验，采用中西医结合的方法治疗乙肝获得较满意的疗效，对重症肝炎的抢救有较高的救治成功率。近年来开展的抗纤维化治疗慢性肝炎、肝硬化，取得较好疗效。对感染性疾病的诊治有较高水平，常规收治病毒性疾病、立克次体病、衣原体感染、去原体感染、细菌性疾病、真菌性疾病、螺旋体病、寄生虫性疾病、感染性腹泻和不明原因发热等疾病。
