内镜科成立于1994年，是集内镜检查、诊断、治疗、科研和教学为一体的独立医技科室。现有主任医师1名、副主任医师1名、主治医师2名、住院医师1名，主管护师1名，护师1名。

　　目前内镜科有OLYMPUS　260内镜主机1台、OLYMPUS　240内镜主机4台、OLYMPUS　超声内镜主机1台、各种内镜20余条，另有STOZE　硬式支气管镜1套，ERBE冷冻治疗仪、ERBE氩气刀、激光治疗仪等治疗设备。开展多种内镜的临床治疗工作，如消化道及呼吸道息肉的切除、套扎;消化道粘膜下肿瘤的切除;消化道早期癌及其癌前病变的粘膜切除;消化道早期癌及其癌前病变的激光治疗及氩离子血凝(APC)治疗;消化道出血内镜下止血;食管、胃底静脉曲张内镜治疗(套扎、注射硬化剂);消化道及呼吸道良、恶性狭窄的扩张及支架的施放;逆行胰胆管造影(ERCP)，胰胆管的内引流和外引流;应用超声内镜(EUS)进行肿瘤分期(食管癌、胰腺癌)及可切除性评估;超声内镜(EUS)引导下的细针穿刺活检;经支气管细针穿刺活检等。

　　承担国家“八五”、“九五”“十五”之中“食管癌早诊早治”的攻关课题，首发基金“北京社区消化道肿瘤早期诊断与早期治疗”项目课题，并且连续承担三届(1998-2001年，2001-2004年，2004-2007年)“卫生部临床学科重点项目”。目前已培养研究生3名，再读研究生3名。

　　本科工作人员过去多年来一直在高发现场，应用内镜研究早期食管癌的诊断和治疗，并且取得显著成绩。1995年在“八五”攻关课题验收时被评为优秀课题，得到国家认可。同时作为“食管癌高发现场的综合防治研究”的一个重要的组成部分，被评为1995年全国十大科技成就之一。