消化内科是闽西地区优势学科，现有床位25张，拥有主任医师2人，副主任医师3人。该科承担闽西及周边地区大量消化病患者的临床诊疗工作，对慢性胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡、慢性结肠炎、慢性肝病、胆囊炎、消化不良等常见病和多发病治疗效果显著，对肝、胆、胰等消化病的诊断准确性较高，疗效较好，积累了丰富的临床经验。为本地急危重消化病患者提供强有力的技术保障，多年来抢救了大量急性上消化道大出血、重症胰腺炎、肝性脑病、多器官功能衰竭等危重消化病患者，抢救成功率高。所属胃肠镜室拥有进口先进电子胃镜、十二指肠镜及结肠镜，常规开展食管、胃、十二指肠、大肠的检查和幽门螺杆菌的快速检测以及内镜下止血、取异物、息肉电摘除等治疗，在逆行胰胆管造影和食道晚期肿瘤病人支架放置、食管狭窄扩张术等介入检查和治疗方面也取得了长足的进步，并致力于早期食管癌、早期胃癌和早期大肠癌的发现和诊断。
