1995年新建了3300余平方米全省一流的传染病隔离大楼，科学合理的布局彻底解决了传染病单独管理、防止交叉感染的难题。它与污水处理站、焚烧炉、消毒供应室配套，使三院进入全省医院感染的先进行列。在感染性疾病治疗上，有雄厚的技术力量。分设传染科、呼吸结核科、皮肤性病科。130支病床，开展的乙型肝炎病毒携带者进行特异性免疫清除，各种原因导致的脂肪肝治疗，肝癌介入等达到国内先进水平。由结核科研制的肺结核短程化疗方案，被全国结核病控制中心推广到20多个省市。特别是2003年在SARS面前，这种优势就赫然显现出来。
