广州呼吸疾病研究所于1979年经省卫生厅批准成立， 1993年被省高教厅批准成为省重点呼吸学科，1994年被评为省呼吸疾病研究重点实验室，2003年被评为教育部全国重点学科，2007年已经通过科技部国家家重点实验室的评估。
广州呼研所已建立了一支较为合理的学术梯队，现任所长为中国工程院院士钟南山教授，具有高级职称30人，博士学位人员7名，博士生导师7名，硕士生导师14名。全所共承担各级科研课题100多项，包括国际合作课题、国家级多中心合作课题、国家级、省级课题。对支气管哮喘、慢性咳嗽、慢性阻塞性肺疾病、感染性疾病、呼吸动力学及重症监护的研究已接近或达到国际先进水平。
广州呼研所已批准成为博士学位授权学科、博士后工作流动站，形成了博士后、博士生、硕士生、本科生、专科生及进修生六个不同层次的人才培养结构，举办了呼吸内科、重症监护、支纤镜、肺功能等多种学习班，培养博士30多名，硕士40多名，举办了11个国家级继续医学教育项目的学习班。主办了亚太呼吸年会暨美国胸科医师协会年会等多处国际大型会议。获得国家863、973、国家十五攻关课题、国家自然科技基金重点项目等重大立项项目多项，并获国家科技进步二等奖、广东省科技进步特等奖、一等奖等多项奖励。获得专利8项。共计收到各项科研经费及省市政府、科技厅、卫生厅等各级部门专科建设经费近三千万。发表科研论文二百多篇，其中SCI收录期刊三十多篇，包括Nature、Science等杂志。
